La ciudad se sitúa en un golfo pintoresco, rodeado por todos lados por las montañas. Durante mucho tiempo Nagasaki fue la única ciudad portuaria mediante la cual se mantenían las relaciones con Europa.
En 1945 la ciudad sobrevivió una verdadera tragedia, fue víctima de un bombardeo atómico. La parte afectada de la ciudad fue destruida, la explosión se llevó vidas de 25 mil personas. Gracias a que el terreno donde se encuentra la ciudad es muy montañoso, el efecto de la onda explosiva fue un poco suavizado. Hoy en día en el epicentro de la explosión está instalado un monumento llamado "Pacificador". En la parte norte de la ciudad se encuentra otro conjunto memorable - parque de la Paz y al lado está el Museo del bombardeo atómico.
Entre los monumentos religiosos se destaca la iglesia católica Urakami, que fue gravemente dañada por la explosión pero en 1981 fue reconstruida. El único edificio del estilo gótico es la iglesia católica Oura.
El mausoleo de Confucio de Nagasaki es un monumento histórico de importancia nacional. Esta atracción turística a menudo se llama 'la mayoría de los chinos' en Japón. El caso es que el mausoleo está construido con las mejores tradiciones del estilo chino. Los materiales importados exclusivamente de China fueron utilizados durante su construcción. Además, la construcción del mausoleo fue realizada exclusivamente por especialistas chinos. El santuario fue construido en 1893, a fines del siglo XIX una parte del edificio fue ocupada por una escuela primaria. El edificio histórico fue muy dañado por una explosión en 1945. Fue completamente restaurado en 1967.
Los viajes a la isla de Hashima son extremadamente populares entre los fanáticos de lugares inusuales. Este islote en miniatura con una ciudad minera abandonada se hizo ampliamente conocido en 2011, después de filmar una película de James Bond. Hace solo unos años, parte de la isla estuvo disponible para giras oficiales, y hoy los turistas pueden visitar las áreas más seguras de la ciudad abandonada.
Aquellos que deseen admirar lugares religiosos nacionales estarían interesados en visitar el Templo Shofuku-ji. Según datos históricos, el fundador de este templo es el monje Tetsujin Dohan, cuya construcción se completó en 1677. Hoy, el Templo Shofuku-ji es un ejemplo clásico de arquitectura religiosa nacional. Después de la reconstrucción en 1715, se mantiene prácticamente sin cambios. Muchos elementos de madera del templo que fueron renovados hace más de 300 años sobrevivieron hasta nuestros días.
Una de las instalaciones culturales más visitadas de la ciudad es el Museo de Historia y Cultura de Nagasaki, inaugurado recientemente, en 2005. El edificio que alberga el museo es de gran valor arquitectónico. Fue construido en la Edad Media como la Oficina del Magistrado de Nagasaki. Durante la Segunda Guerra Mundial, el edificio albergó un refugio antiaéreo, y después de una renovación completa, se inauguró un museo aquí. En total, alrededor de 48,000 exhibiciones se almacenan dentro de sus paredes, incluyendo valiosos documentos históricos, obras de arte y artesanías traídas a Japón de todo el mundo. Una exposición muy interesante está dedicada a la vida de los funcionarios japoneses en la Edad Media.